3D Genomics
Genómica 3D
La conformación 3D de la cromatina juega un papel crítico en la regulación de la expresión génica. Por ejemplo, acercando potenciadores (enhancers) clave a los genes, o por el contrario, aislando porciones del genoma. Se han creado múltiples técnicas para estudiar el llamado 'DNA looping', algunas permitiendo evaluar puntos de contacto en todo el genoma y otras centrándose en puntos de vista particulares, o proteínas, y tenemos experiencia en todas ellas.
Captura de Conformación Cromosómica (3C, 4C, 5C)
3C fue diseñado para estudiar un conjunto de puntos de vista específicos en algunas regiones del genoma, permitiendo responder a preguntas biológicas a un coste menor en comparación con el análisis de todo el genoma. Desarrollada a principios de los 2000 y a menudo referida como una técnica 'uno-contra-algunos', sentó las bases de la genómica 3D.
Como una actualización de 3C, 4C permite evaluar los puntos de contacto entre un punto de vista de su elección en todo el genoma en un enfoque 'uno-contra-todos'.
Finalmente, 5C es una actualización de 4C que permite analizar puntos de contacto de ADN en una gran región de interés, por lo que a menudo se le conoce como 'muchos-contra-muchos'.
Estas técnicas se desarrollaron hace mucho tiempo y hoy en día existen métodos de análisis de vanguardia que forman parte de nuestro pipeline de genómica 3D en Nexco Analytics.
Hi-C
Hace una década, se inventó un método 'todos-contra-todos' para analizar todos los puntos de contacto en la totalidad del genoma. Aprovechando un proceso llamado biotinilación para marcar nucleótidos, este método revolucionó el campo y finalmente permitió una investigación imparcial a nivel de todo el genoma de la conformación de la cromatina.
El pipeline de Nexco Analytics aprovecha métodos bien establecidos para analizar sus datos de la mejor manera: desde la creación de mapas de contacto de ADN hasta el descubrimiento de diferencias entre muestras.
ChIA-PET y Hi-ChIP
Al estudiar una proteína específica, el protocolo Hi-C puede ser alterado incluyendo un paso de inmunoprecipitación de cromatina para seleccionar fragmentos vinculados a su proteína de interés.
Esta técnica permite descubrir interacciones de largo alcance de una proteína elegida en todo el genoma. Más asequible que Hi-C, es el método de elección para estudios centrados en proteínas.
Descubra cómo su proteína afecta la estructura del ADN con el pipeline de Nexco Analytics, que sigue los estándares del campo y, como siempre, incorpora estadísticas rigurosas.
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