ChIP-seq
ChIP-seq, una base para la epigenómica
La epigenómica ha adquirido un papel preponderante en el estudio de la genómica. Complementario al estudio de la expresión génica a través de técnicas de transcriptómica como RNA-seq o scRNA-seq, la investigación del estado de la cromatina en los loci de interés se ha vuelto crucial para comprender la expresión génica. La inmunoprecipitación de cromatina seguida de secuenciación de ADN (ChIP-seq) es una técnica fundamental en epigenómica para la que tenemos años de experiencia.
Revele sitios de unión de proteínas y descubra motivos de ADN
ChIP-seq permite estudiar el patrón de unión de su proteína de interés a lo largo de todo el genoma. El método de Nexco Analytics para analizar ChIP-seq e inferir sitios de unión (picos) está de acuerdo con los estándares actuales. Nuestro pipeline se centra primero en el control de calidad para descartar cualquier sesgo y para minimizar los falsos negativos utilizando estadísticas avanzadas.
El descubrimiento de motivos suele ser el siguiente paso en el análisis. Descubra la secuencia de ADN que recluta su proteína de interés en sus datos aprovechando nuestro pipeline de detección de motivos.
Explore el estado de la cromatina a través de marcas de histonas
Al dirigirse a las marcas de histonas, ChIP-seq permite estudiar el paisaje de la cromatina en todo el genoma. Descubra en sus datos qué regiones están abiertas, cerradas, son potenciadores (enhancers), promotores y combínelo con la transcriptómica para obtener una mejor comprensión de la expresión génica. El equipo multidisciplinario de Nexco Analytics ha trabajado en epigenómica durante una década y son expertos en marcas de histonas.
Cruce con bases de datos públicas
A medida que la epigenómica se volvió más prevalente, los consorcios comenzaron la generación sistemática de datos de ChIP-seq dirigidos a factores de transcripción conocidos y marcas de histonas en líneas celulares comunes. Esos datos públicos forman una mina de información que podemos explotar para usted. Al cruzar sus datos con conjuntos de datos públicos, descubra si la unión al ADN de su proteína de interés se correlaciona con otros factores de transcripción o marcas de histonas en diferentes contextos biológicos.
Multi-ómica
La expresión génica debe ser vista a través del prisma de la epigenómica. Al cruzar sus datos de transcriptómica con datos de ChIP-seq, es posible evaluar el papel regulador de su proteína de interés correlacionando la unión con la expresión de los genes diana.
Se pueden realizar análisis adicionales en las dianas putativas, como análisis de vías (pathways), ontología génica u otros para caracterizar las dianas y encontrar resultados biológicamente relevantes.
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