scRNA-seq
scRNA-seq: transcriptómica a nivel de célula única
El scRNA-seq (Single-cell RNA-seq) se está convirtiendo en el nuevo estándar en transcriptómica. Permite el análisis del transcriptoma completo a resolución de célula única. Esta técnica relativamente nueva está evolucionando rápidamente y mantenemos nuestros pipelines actualizados con los constantes avances en el campo.
Experiencia en todas las variantes de célula única
Existen muchos enfoques diferentes cuando se trata de scRNA-seq. Algunos permiten una buena sensibilidad por célula a expensas de un número reducido de células, como es el caso típico de SMART-seq3. Otros, como 10x, permiten evaluar el transcriptoma de miles de células pero con una menor sensibilidad.
Nexco Analytics tiene experiencia en todos los diferentes subtipos de scRNA-seq y proporcionamos el pipeline adecuado y optimizado para cada uno.
Etiquetado de tipos celulares, clustering y clasificación
Uno de los poderes del scRNA-seq es permitir la clasificación y el etiquetado de células en su muestra. Nexco Analytics utiliza métodos publicados para extraer esta información y proporcionarle resultados digeridos listos para su interpretación.
Después del clustering celular, es posible inferir los marcadores genéticos que categorizan los tipos celulares específicos. Obtenga información sobre qué genes son cruciales en su experimento y descubra nuevos subtipos celulares.
Vaya un paso más allá calculando la trayectoria de las células en sus muestras, lo que le permite observar los cambios celulares a lo largo del tiempo y rastrear su historia.
Cuantificación de elementos transponibles a nivel de célula única
El pipeline TEnex de Nexco Analytics permite estudiar elementos transponibles en datos de scRNA-seq. Nuestro método ha sido desarrollado en la EPFL y licenciado a Nexco Analytics y puede hacer frente a la menor sensibilidad general del scRNA-seq en comparación con el RNA-seq de tipo 'bulk'. Descubra cómo los elementos transponibles contribuyen a su experimento y aproveche al máximo sus datos utilizando un mayor nivel de granularidad que el que proporcionan solo los genes.
El siguiente nivel con Multi-ómica y transcriptómica espacial
Recientemente, los protocolos de scRNA-seq se han mejorado para interrogar el estado de la cromatina de las células al mismo tiempo que el patrón de expresión génica. Esta técnica, que combina ATAC-seq y scRNA-seq, acota los resultados al reducir los falsos positivos en los datos de expresión. Incluso si no está utilizando esos métodos recientes, podemos cruzar sus datos con otras técnicas para satisfacer sus necesidades.
Otra técnica que está creciendo es la transcriptómica espacial, donde las células se marcan con códigos de barras según su localización espacial en los tejidos. Gracias a nuestra experiencia, podemos aplicar incluso las técnicas más avanzadas y ayudarle a interpretar sus resultados.
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