3D Genomics
Génomique 3D
La conformation tridimensionnelle de la chromatine joue un rôle crucial dans la régulation de l'expression des gènes. Par exemple, en rapprochant les activateurs clés des gènes, ou au contraire en isolant des parties du génome. Plusieurs techniques ont été créées pour étudier les boucles de l'ADN, certaines permettant d'évaluer les points de contact à travers le génome entier et d'autres se concentrant sur des points de vue particuliers, ou des protéines. Nous avons de l'expérience dans toutes ces techniques.
Capture de conformation chromosomique (3C, 4C, 5C)
La 3C a été conçue pour étudier un ensemble de points de vue ciblés sur certaines régions du génome, permettant de répondre à des questions biologiques à un coût inférieur par rapport à l'analyse du génome entier. Développée au début des années 2000 et souvent appelée « un contre certains », cette technique a posé les bases de la génomique 3D.
Comme une mise à niveau de la 3C, la 4C permet d'évaluer les points de contact entre un point de vue de votre choix sur l'ensemble du génome selon une approche « un contre tous ».
Enfin, la 5C est une mise à niveau de la 4C qui permet d'analyser les points de contact de l'ADN dans une grande région d'intérêt, ce qui la rend souvent désignée comme « beaucoup contre beaucoup ».
Ces techniques ont été développées il y a longtemps et il existe aujourd'hui des méthodes d'analyse de pointe qui font partie de notre pipeline de génomique 3D chez Nexco Analytics.
Hi-C
Il y a une décennie, une méthode « tous contre tous » pour analyser tous les points de contact dans l'ensemble du génome a été inventée. En exploitant un processus appelé biotinylation pour marquer les nucléotides, cette méthode a révolutionné le domaine et a finalement permis une investigation à l'échelle du génome de la conformation de la chromatine.
La pipeline de Nexco Analytics tire parti de méthodes bien établies pour analyser vos données au mieux : de la création de cartes de contact de l'ADN à la découverte des différences entre les échantillons.
ChIA-PET et Hi-Chip
Lors de l'étude d'une protéine spécifique, le protocole Hi-C peut être modifié en incluant une étape d'immunoprécipitation de la chromatine pour sélectionner les fragments liés à votre protéine d'intérêt.
Cette technique permet de découvrir les interactions à longue distance d'une protéine choisie à travers le génome. Plus abordable que Hi-C, c'est la méthode privilégiée pour les études axées sur les protéines.
Découvrez comment votre protéine affecte la structure de l'ADN avec le pipeline de Nexco Analytics, qui suit les normes du domaine et intègre toujours des statistiques rigoureuses.
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