ChIP-seq
ChIP-seq, les fondements de l'épigénomique
L'épigénomique a acquis un rôle prépondérant dans l'étude de la génomique. En complément de l'étude de l'expression des gènes par des techniques de transcriptomique telles que RNA-seq ou scRNA-seq, l'étude du statut de la chromatine aux loci d'intérêts est devenue cruciale pour comprendre l'expression des gènes. L'immunoprécipitation de la chromatine suivie du séquençage de l'ADN (ChIP-seq) est une technique fondamentale en épigénomique pour laquelle nous avons des années d'expérience.
Révéler les sites de liaison des protéines et découvrir les motifs d'ADN
Le ChIP-seq permet d'étudier le modèle de liaison de votre protéine d'intérêt à travers le génome entier. La méthode d'analyse ChIP-seq de Nexco Analytics pour inférer les sites de liaison (pics) est conforme aux normes actuelles. Notre pipeline se concentre d'abord sur le contrôle de qualité pour éliminer tout biais et minimiser les faux négatifs en utilisant des statistiques avancées.
La découverte de motifs est généralement l'étape suivante de l'analyse. Découvrez la séquence d'ADN recrutant votre protéine d'intérêt dans vos données en exploitant notre pipeline de détection de motifs.
Explorer l'état de la chromatine via les marques d'histones
En ciblant les marques d'histones, le ChIP-seq permet d'étudier le paysage de la chromatine à travers le génome. Découvrez dans vos données quelles régions sont ouvertes, fermées, « enhancer », promoteurs et couplez-le avec la transcriptomique pour mieux comprendre l'expression des gènes. L'équipe multidisciplinaire de Nexco Analytics travaille en épigénomique depuis une décennie et est experte en marques d'histones.
Croisement avec des bases de données publiques
À mesure que l'épigénomique est devenue plus prévalente, des consortiums ont commencé à générer systématiquement des données ChIP-seq ciblant des facteurs de transcription connus et des marques d'histones dans des lignées cellulaires courantes. Ces données publiques constituent une mine d'informations que nous pouvons creuser pour vous. En croisant vos données avec des ensembles de données publics, découvrez si la liaison à l'ADN de votre protéine d'intérêt est corrélée à d'autres facteurs de transcription ou marques d'histones dans différents contextes biologiques.
Multi-omique
L'expression génique peut être examinée à travers le prisme de l'épigénomique. En croisant vos données de transcriptomique avec les données de ChIP-seq, il est possible d'évaluer le rôle régulateur de votre protéine d'intérêt en corrélant la liaison ADN à l'expression des gènes ciblés.
Des analyses supplémentaires peuvent ensuite être effectuées sur les cibles potentielles, comme l'analyse des « pathways », l'ontologie des gènes ou d'autres afin de caractériser les cibles et trouver des résultats biologiquement pertinents.
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