3D Genomics
3D-Genomik
Die 3D-Konformation des Chromatins spielt eine entscheidende Rolle bei der Regulierung der Genexpression, indem sie beispielsweise wichtige Enhancer näher an Gene heranbringt oder im Gegenteil Teile des Genoms isoliert. Es wurden verschiedene Techniken entwickelt, um das sogenannte DNA-Looping zu untersuchen. Einige ermöglichen die Erfassung von Kontaktpunkten im gesamten Genom, während sich andere auf bestimmte Standpunkte oder Proteine konzentrieren. Wir haben Erfahrung in all diesen Bereichen.
Chromosome Conformation Capture (3C, 4C, 5C)
3C wurde entwickelt, um eine Reihe von gezielten Standpunkten in bestimmten Regionen des Genoms zu untersuchen und so biologische Fragen zu geringeren Kosten im Vergleich zur Analyse des gesamten Genoms zu beantworten. Diese in den frühen 2000er Jahren entwickelte „one-vs-some“-Technik legte den Grundstein für die 3D-Genomik.
Als Weiterentwicklung von 3C ermöglicht 4C die Erfassung der Kontaktpunkte zwischen einem von Ihnen gewählten Standpunkt und dem gesamten Genom in einem „one-vs-all“-Ansatz.
Schließlich ist 5C eine Weiterentwicklung von 4C, die es ermöglicht, DNA-Kontaktpunkte in einer großen interessierenden Region zu untersuchen und wird daher oft als „many-vs-many“ bezeichnet.
Diese Techniken wurden vor langer Zeit entwickelt, und heute gibt es modernste Analysemethoden, die Teil unserer 3D-Genomik-Pipeline bei Nexco Analytics sind.
Hi-C
Vor einem Jahrzehnt wurde eine „all-vs-all“-Methode erfunden, um alle Kontaktpunkte im gesamten Genom zu analysieren. Durch die Nutzung eines Prozesses namens Biotinylierung zur Markierung von Nukleotiden revolutionierte diese Methode das Feld und ermöglichte schließlich eine genomweite, unvoreingenommene Untersuchung der Chromatinkonformation.
Die Pipeline von Nexco Analytics nutzt etablierte Methoden, um Ihre Daten bestmöglich zu analysieren: von der Erstellung von DNA-Kontaktkarten bis zur Entdeckung von Unterschieden zwischen Proben.
ChIA-PET und Hi-ChIP
Bei der Untersuchung eines bestimmten Proteins kann das Hi-C-Protokoll durch einen Chromatin-Immunpräzipitationsschritt modifiziert werden, um Fragmente auszuwählen, die mit Ihrem interessierenden Protein verbunden sind.
Diese Technik ermöglicht es, weitreichende Interaktionen eines ausgewählten Proteins im gesamten Genom zu entdecken. Sie ist kostengünstiger als Hi-C und die Methode der Wahl für proteinfokussierte Studien.
Finden Sie heraus, wie Ihr Protein die DNA-Struktur beeinflusst, mit der Pipeline von Nexco Analytics, die den Standards des Feldes folgt und wie immer rigorose Statistiken einbezieht.
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