ChIP-seq
ChIP-seq, eine Grundlage für die Epigenomik
Die Epigenomik hat eine herausragende Rolle in der Genomforschung erlangt. Ergänzend zur Untersuchung der Genexpression durch Transkriptomik-Techniken wie RNA-seq oder scRNA-seq ist die Untersuchung des Chromatin-Status an den interessierenden Loci entscheidend für das Verständnis der Genregulation geworden. Die Chromatin-Immunpräzipitation gefolgt von DNA-Sequenzierung (ChIP-seq) ist eine grundlegende Technik in der Epigenomik, in der wir jahrelange Erfahrung haben.
Identifizieren Sie Proteinbindungsstellen und entdecken Sie DNA-Motive
ChIP-seq ermöglicht die Untersuchung des Bindungsmusters Ihres interessierenden Proteins im gesamten Genom. Die Methode von Nexco Analytics zur Analyse von ChIP-seq und zur Identifizierung von Bindungsstellen (Peaks) entspricht den aktuellen Standards. Unsere Pipeline konzentriert sich zunächst auf die Qualitätskontrolle, um jegliche Verzerrung auszuschließen und falsch-negative Ergebnisse durch den Einsatz fortgeschrittener statistischer Methoden zu minimieren.
Die Motiv-Entdeckung ist üblicherweise der nächste Schritt in der Analyse. Finden Sie mit unserer Motiv-Detektions-Pipeline die DNA-Sequenz heraus, die Ihr interessierendes Protein in Ihren Daten rekrutiert.
Erkunden Sie den Chromatin-Status über Histon-Markierungen
Durch das Zielen auf Histon-Markierungen ermöglicht ChIP-seq die Untersuchung der Chromatin-Landschaft im gesamten Genom. Entdecken Sie in Ihren Daten, welche Regionen offen, geschlossen, Enhancer oder Promotoren sind, und kombinieren Sie dies mit Transkriptomik, um ein besseres Verständnis der Genexpression zu erhalten. Das multidisziplinäre Team von Nexco Analytics arbeitet seit einem Jahrzehnt in der Epigenomik und ist Experte für Histon-Markierungen.
Abgleich mit öffentlichen Datenbanken
Da die Epigenomik immer wichtiger wurde, begannen Konsortien mit der systematischen Generierung von ChIP-seq-Daten, die auf bekannte Transkriptionsfaktoren und Histon-Markierungen in gängigen Zelllinien abzielen. Diese öffentlichen Daten bilden eine Informationsquelle, die wir für Sie erschließen können. Indem Sie Ihre Daten mit öffentlichen Datensätzen abgleichen, entdecken Sie, ob die DNA-Bindung Ihres interessierenden Proteins mit anderen Transkriptionsfaktoren oder Histon-Markierungen in unterschiedlichen biologischen Kontexten korreliert.
Multi-omics
Die Genexpression muss durch das Prisma der Epigenomik betrachtet werden. Durch den Abgleich Ihrer Transkriptomik-Daten mit ChIP-seq-Daten ist es möglich, die regulatorische Rolle Ihres interessierenden Proteins zu bewerten, indem die Bindung mit der Expression der Zielgene korreliert wird.
Weitere Analysen können dann an den mutmaßlichen Zielgenen durchgeführt werden, wie z. B. Pathway-Analysen, Gen-Ontologie oder andere, um die Ziele zu charakterisieren und biologisch relevante Ergebnisse zu finden.
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