scRNA-seq
scRNA-seq: Transkriptomik auf Einzelzellebene
Einzelzell-RNA-seq (scRNA-seq) wird zum neuen Standard in der Transkriptomik. Es ermöglicht die Analyse des gesamten Transkriptoms mit Einzelzellauflösung. Diese relativ neue Technik entwickelt sich schnell, und wir halten unsere Pipelines mit den ständigen Fortschritten auf diesem Gebiet auf dem neuesten Stand.
Expertise in allen Einzelzell-Varianten
Es gibt viele verschiedene Ansätze bei scRNA-seq. Einige ermöglichen eine hohe Empfindlichkeit pro Zelle auf Kosten einer reduzierten Zellzahl, wie es typischerweise bei SMART-seq3 der Fall ist. Andere, wie 10x Genomics, ermöglichen die Untersuchung des Transkriptoms von Tausenden von Zellen, jedoch mit geringerer Empfindlichkeit.
Nexco Analytics hat Erfahrung mit allen verschiedenen Subtypen von scRNA-seq und wir bieten für jeden die passende und optimierte Pipeline.
Zelltyp-Annotation, Clustering und Klassifizierung
Eine der Stärken von scRNA-seq ist die Möglichkeit, Zellen in Ihrer Probe zu klassifizieren und zu annotieren. Nexco Analytics verwendet publizierte Methoden, um diese Informationen zu extrahieren und Ihnen aufbereitete Ergebnisse zur Interpretation zu liefern.
Nach dem Zell-Clustering ist es möglich, die Genmarker zu identifizieren, die die spezifischen Zelltypen charakterisieren. Gewinnen Sie Einblicke, welche Gene in Ihrem Experiment entscheidend sind, und entdecken Sie neue Zellsubtypen.
Gehen Sie einen Schritt weiter, indem Sie die Entwicklungstrajektorie der Zellen in Ihren Proben berechnen. Dies ermöglicht es Ihnen, Zellveränderungen im Laufe der Zeit zu beobachten und ihre Entwicklung nachzuverfolgen.
Quantifizierung transponierbarer Elemente auf Einzelzellebene
Die TEnex-Pipeline von Nexco Analytics ermöglicht die Untersuchung transponierbarer Elemente in scRNA-seq-Daten. Unsere Methode wurde an der EPFL entwickelt, an Nexco Analytics lizenziert und kann die allgemein geringere Empfindlichkeit von scRNA-seq im Vergleich zu Bulk-RNA-seq bewältigen. Finden Sie heraus, wie transponierbare Elemente zu Ihrem Experiment beitragen, und nutzen Sie Ihre Daten optimal, indem Sie eine höhere Granularität als die allein durch Gene bereitgestellte verwenden.
Die nächste Stufe mit Multi-omics und räumlicher Transkriptomik
In jüngster Zeit wurden scRNA-seq-Protokolle verbessert, um den Chromatin-Status der Zellen gleichzeitig mit dem Genexpressionsmuster zu untersuchen. Diese Technik, die ATAC-seq und scRNA-seq kombiniert, präzisiert die Ergebnisse, indem sie falsch-positive Ergebnisse in den Expressionsdaten reduziert. Auch wenn Sie diese neueren Methoden nicht verwenden, können wir Ihre Daten mit anderen Techniken abgleichen, um Ihre Bedürfnisse zu erfüllen.
Eine weitere wachsende Technik ist die räumliche Transkriptomik, bei der Zellen entsprechend ihrer räumlichen Lokalisierung in Geweben mit Barcodes versehen werden. Dank unserer Erfahrung können wir selbst die fortschrittlichsten Techniken anwenden und Ihnen bei der Interpretation Ihrer Ergebnisse helfen.
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