3D Genomics
Genomica 3D
La conformazione 3D della cromatina gioca un ruolo critico nella regolazione dell'espressione genica. Ad esempio, avvicinando potenziatori (enhancer) chiave ai geni, o al contrario isolando porzioni del genoma. Sono state create molteplici tecniche per studiare il cosiddetto 'DNA looping', alcune permettendo di valutare i punti di contatto attraverso l'intero genoma e altre focalizzandosi su punti di vista particolari, o proteine, e noi abbiamo esperienza in tutte.
Cattura della Conformazione Cromosomica (3C, 4C, 5C)
Il 3C è stato progettato per studiare un insieme di punti di vista mirati attraverso alcune regioni del genoma, permettendo di rispondere a domande biologiche a un costo inferiore rispetto all'analisi dell'intero genoma. Sviluppata nei primi anni 2000 e spesso definita come una tecnica 'uno-contro-alcuni', ha gettato le basi della genomica 3D.
Come aggiornamento del 3C, il 4C permette di valutare i punti di contatto tra un punto di vista a vostra scelta attraverso l'intero genoma in un approccio 'uno-contro-tutti'.
Infine, il 5C è un aggiornamento del 4C che permette di saggiare i punti di contatto del DNA in una vasta regione di interesse, quindi è spesso definito 'molti-contro-molti'.
Queste tecniche sono state sviluppate molto tempo fa e oggi esistono metodi di analisi all'avanguardia che fanno parte della nostra pipeline di genomica 3D presso Nexco Analytics.
Hi-C
Un decennio fa, è stato inventato un metodo 'tutti-contro-tutti' per analizzare tutti i punti di contatto attraverso l'intero genoma. Sfruttando un processo chiamato biotinilazione per marcare i nucleotidi, questo metodo ha rivoluzionato il campo e ha finalmente permesso un'indagine imparziale a livello genomico della conformazione della cromatina.
La pipeline di Nexco Analytics sfrutta metodi ben consolidati per analizzare al meglio i vostri dati: dalla creazione di mappe di contatto del DNA alla scoperta di differenze tra campioni.
ChIA-PET e Hi-ChIP
Quando si studia una proteina specifica, il protocollo Hi-C può essere modificato includendo un passo di immunoprecipitazione della cromatina per selezionare i frammenti legati alla vostra proteina di interesse.
Questa tecnica permette di scoprire interazioni a lungo raggio di una proteina scelta attraverso il genoma. Più conveniente dell'Hi-C, è il metodo di riferimento per studi focalizzati sulle proteine.
Scoprite come la vostra proteina influisce sulla struttura del DNA con la pipeline di Nexco Analytics, che segue gli standard del settore e, come sempre, incorpora statistiche rigorose.
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