ChIP-seq
ChIP-seq, una base per l'epigenomica
L'epigenomica ha acquisito un ruolo preponderante nello studio della genomica. Complementare allo studio dell'espressione genica tramite tecniche di trascrittomica come RNA-seq o scRNA-seq, l'indagine dello stato della cromatina nei loci di interesse è diventata cruciale per comprendere l'espressione genica. L'immunoprecipitazione della cromatina seguita dal sequenziamento del DNA (ChIP-seq) è una tecnica fondamentale in epigenomica per la quale abbiamo anni di esperienza.
Rivela i siti di legame delle proteine e scopri i motivi del DNA
Il ChIP-seq permette di studiare il pattern di legame della vostra proteina di interesse attraverso l'intero genoma. Il metodo di Nexco Analytics per analizzare il ChIP-seq e inferire i siti di legame (picchi) è conforme agli standard attuali. La nostra pipeline si concentra prima sul controllo di qualità per scartare qualsiasi bias e per minimizzare i falsi negativi utilizzando statistiche avanzate.
La scoperta di motivi è solitamente il passo successivo nell'analisi. Scoprite la sequenza di DNA che recluta la vostra proteina di interesse nei vostri dati approfittando della nostra pipeline di rilevamento dei motivi.
Esplora lo stato della cromatina tramite i marcatori di istoni
Mirando ai marcatori di istoni, il ChIP-seq permette di studiare il panorama della cromatina attraverso il genoma. Scoprite nei vostri dati quali regioni sono aperte, chiuse, potenziatori (enhancer), promotori e accoppiatelo con la trascrittomica per ottenere una migliore comprensione dell'espressione genica. Il team multidisciplinare di Nexco Analytics lavora nell'epigenomica da un decennio e sono esperti in marcatori di istoni.
Incrocio con database pubblici
Man mano che l'epigenomica è diventata più diffusa, i consorzi hanno iniziato la generazione sistematica di dati ChIP-seq mirati a fattori di trascrizione e marcatori di istoni noti in linee cellulari comuni. Questi dati pubblici costituiscono una miniera di informazioni che possiamo scavare per voi. Incrociando i vostri dati con i set di dati pubblici, scoprite se il legame al DNA della vostra proteina di interesse si correla con altri fattori di trascrizione o marcatori di istoni in diversi contesti biologici.
Multi-omica
L'espressione genica deve essere guardata attraverso il prisma dell'epigenomica. Incrociando i vostri dati di trascrittomica con i dati di ChIP-seq, è possibile valutare il ruolo regolatorio della vostra proteina di interesse correlando il legame con l'espressione dei geni bersaglio.
Ulteriori analisi possono poi essere eseguite sui bersagli putativi, come l'analisi dei pathway, l'ontologia genica o altro per caratterizzare i bersagli e trovare risultati biologicamente rilevanti.
© 2024 Nexco Analytics. All Rights Reserved.