scRNA-seq
scRNA-seq: trascrittomica a livello di cellula singola
Il sequenziamento dell'RNA a cellula singola (scRNA-seq) sta diventando il nuovo standard nella trascrittomica. Permette l'analisi dell'intero trascrittoma a risoluzione di singola cellula. Questa tecnica relativamente nuova si sta evolvendo rapidamente e manteniamo le nostre pipeline aggiornate con i costanti progressi nel campo.
Competenza in tutte le varianti di cellula singola
Esistono molti approcci diversi quando si tratta di scRNA-seq. Alcuni consentono una buona sensibilità per cellula a scapito di un numero ridotto di cellule, come nel caso tipico di SMART-seq3. Altri, come 10x, permettono di valutare il trascrittoma di migliaia di cellule ma con una sensibilità inferiore.
Nexco Analytics ha esperienza in tutti i diversi sottotipi di scRNA-seq e forniamo la pipeline adeguata e ottimizzata for each.
Cell type labelling, clustering and classification
Uno dei punti di forza dello scRNA-seq è permettere la classificazione e l'etichettatura delle cellule nel vostro campione. Nexco Analytics utilizza metodi pubblicati per estrarre queste informazioni e fornirvi risultati elaborati pronti per l'interpretazione.
Dopo il clustering cellulare, è possibile inferire i marcatori genetici che categorizzano i tipi cellulari specifici. Ottenete approfondimenti su quali geni sono cruciali nel vostro esperimento e scoprite nuovi sottotipi cellulari.
Fate un passo ulteriore calcolando la traiettoria delle cellule nei vostri campioni, permettendovi di osservare i cambiamenti cellulari nel tempo e di tracciarne la storia.
Quantificazione degli elementi trasponibili a livello di cellula singola
La pipeline TEnex di Nexco Analytics permette di studiare gli elementi trasponibili nei dati di scRNA-seq. Il nostro metodo è stato sviluppato all'EPFL, concesso in licenza a Nexco Analytics e può gestire la sensibilità generalmente inferiore dello scRNA-seq rispetto all'RNA-seq di tipo 'bulk'. Scoprite come gli elementi trasponibili contribuiscono al vostro esperimento e sfruttate al massimo i vostri dati utilizzando un livello di granularità superiore a quello fornito solo dai geni.
Il livello successivo con Multi-omica e trascrittomica spaziale
Recentemente, i protocolli di scRNA-seq sono stati migliorati per interrogare lo stato della cromatina delle cellule contemporaneamente al pattern di espressione genica. Questa tecnica, che combina ATAC-seq e scRNA-seq, affina i risultati riducendo i falsi positivi nei dati di espressione. Anche se non utilizzate questi metodi recenti, possiamo incrociare i vostri dati con altre tecniche per soddisfare le vostre esigenze.
Un'altra tecnica in crescita è la trascrittomica spaziale, in cui le cellule vengono marcate con codici a barre in base alla loro localizzazione spaziale nei tessuti. Grazie alla nostra esperienza, possiamo applicare anche le tecniche più avanzate e aiutarvi a interpretare i vostri risultati.
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